Gli organi della Scuola sono:
- il Presidente
- i Consigli di Corsi di Studio, delle Scuole di Specializzazione, dei Master Universitari e i Collegi Docenti dei Corsi di Dottorato
- la Giunta
- la Commissione Paritetica docenti-studenti
- la Commissione permanente per i rapporti tra la Scuola e il Sistema Sanitario Regionale (Consiglio dei Clinici)