Gli organi della Scuola sono:

• il Presidente
• i Consigli di Corsi di Studio, delle Scuole di Specializzazione, dei Master Universitari e i Collegi Docenti dei Corsi di Dottorato
• la Giunta
• la Commissione Paritetica docenti-studenti
• la Commissione permanente per i rapporti tra la Scuola e il Sistema Sanitario Regionale (Consiglio dei Clinici)